Проте представники Московського патріархату вирішили «вдосконалити» пам'ятку національного значення на власний розсуд, знехтувавши реставраційними нормами та погодженнями Міністерства культури.
Як розповів у своєму проєкті дослідник історії Акім Галімов, у 2014 році на собор добудували купол, який повністю спотворив історичний вигляд споруди. Замість відтворення автентичної бані за збереженими малюнками Тараса Шевченка та фотографіями 19 століття, будівельники звели конструкцію, що викликає обурення у фахівців. Окрім цього, у храмі зафарбували та самовільно «обновили» унікальні фрески 19 століття.
Рішення про повернення майна заповіднику Верховний Суд ухвалив ще у 2024 році, проте потрапити до приміщень науковці змогли лише в середині травня 2026 року. Під час звірки музейних фондів дослідники виявили зникнення важливого експонату. З підземного павільйону, де розташовані фундаменти 11 століття, зник макет давньоруського Михайлівського храму. Науковці висловлюють припущення, що будівельники могли використати цей музейний предмет як орієнтир під час розробки проєкту нового купола.
Водночас через тривалу відсутність належної вентиляції та високу вологість за роки користування приміщеннями зазнала ушкоджень і стародавня цегляна кладка.
«Згідно зі звіркою, яку ми провели буквально наступного дня після того, як повернули це приміщення, один експонат основного фонду зник. Це макет храму, цього самого храму давньоруської доби, Михайлівського, який зник», - розповів Акіму Галімову під час обстеження підземного археологічного павільйону історик Олександр Колибенко.
Хто насправді почав нищити давньоруські фундаментальні залишки ще у 19 столітті? Які таємниці приховують розкопки київських та переяславських святинь? Про це дивіться у проєкті дослідника історії Акіма Галімова.