Однако представители Московского патриархата решили «усовершенствовать» памятник национального значения по своему усмотрению, пренебрегая реставрационными нормами и согласованиями Министерства культуры.
Как рассказал в своём проекте исследователь истории Аким Галимов, в 2014 году к собору достроили купол, который полностью исказил исторический облик сооружения. Вместо воссоздания аутентичной купольной крыши по сохранившимся рисункам Тараса Шевченко и фотографиям XIX века строители возвели конструкцию, вызывающую возмущение у специалистов. Кроме того, в храме закрасили и самовольно «обновили» уникальные фрески XIX века.
Решение о возвращении имущества заповеднику Верховный Суд принял еще в 2024 году, однако попасть в помещения ученые смогли лишь в середине мая 2026 года. Во время сверки музейных фондов исследователи обнаружили исчезновение важного экспоната. Из подземного павильона, где расположены фундаменты 11 века, исчез макет древнерусского Михайловского храма. Учёные высказывают предположение, что строители могли использовать этот музейный экспонат в качестве ориентира при разработке проекта нового купола.
В то же время из-за длительного отсутствия надлежащей вентиляции и высокой влажности за годы использования помещения пострадала и древняя кирпичная кладка.
«Согласно сверке, которую мы провели буквально на следующий день после того, как вернули это помещение, один экспонат основного фонда пропал. Это макет храма, того самого храма древнерусской эпохи, Михайловского, который пропал», — рассказал Акиму Галимову во время осмотра подземного археологического павильона историк Александр Колибенко.
Кто на самом деле начал уничтожать древнерусские фундаментальные остатки ещё в XIX веке? Какие тайны скрывают раскопки киевских и переяславских святынь? Об этом смотрите в проекте исследователя истории Акима Галимова.